呼和浩特市是主管衛生工作的呼市人民政府工作部門，主要職責是：貫徹執行國家、自治區關于衛生工作的方針、政策和法律、法規并監督實施；研究擬定全市衛生工作的有關政策、法規、條例、標準及規章制度，并組織實施。研究制定呼市衛生事業發展的總體規劃、年度計劃和戰略目標，組織實施國家技術規范和標準，制訂我市有關規范和標準并組織實施。研究制定全市農村牧區衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施，貫徹預防為主方針，開展全民健康教育；制訂對人群健康危害嚴重疾病的防治規劃；組織對重大疾病的綜合防治。研究指導全市醫療機構改革，制訂相關執業標準、醫療質量和服務規范并監督實施。會同相關部門研究擬定醫學科技教育發展規劃，組織重點醫療衛生科研攻關，指導醫學科技成果，管理衛生中等專業教育和職業技術教育。依據衛生法規、標準，對社會公共衛生、勞動衛生、食品醫用生物制品和生物材料以及醫療器材及醫療市場行使監督職權。
     
        在自治區衛生廳和相關部門的授權范圍內實行醫務、護理等人員的資格認定、考務工作和醫療機構從業許可證制度。對傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生等實施監督管理。組織制定食品、化妝品質量管理規范并負責認證工作。制訂衛生人才發展規劃，負責全市衛生技術人員職業道德教育、繼續醫學教育和有關法制教育，促進衛生行業的社會主義精神文明建設。貫徹中（蒙）西醫并重的方針，推進中（蒙）醫的繼承與創新，實現中（蒙）醫的現代化；指導全市中（蒙）醫療業務建設，科研發展和人才培養工作。承擔呼和浩特市愛國衛生運動委員會的日常工作。組織調度全市衛生技術力量，在市人民政府的領導下，協同相關部門對重大突發病情、疫情實施緊急處置，防止和控制疾病的發生和蔓延。承辦市人民政府和自治區衛生廳交辦的其他事項。

　　呼市有市*醫院、口腔醫院等直屬單位18個，在職職工2361人，離退休614人。多年來，在市委、市政府的正確領導下，市認真貫徹、執行黨的衛生方針、政策，團結拼搏，銳意進取，立足改革，使各項衛生事業得到了蓬勃發展。我市的社區衛生服務工作，衛生監督體制改革都走在了自治區前列。醫療、預防保健、中蒙醫、科教興醫等各項工作都取得了長足的發展。特別是在2003年抗擊非典過程中，系統沉著應對，科學防治，有效利用呼市地區醫療衛生資源，不斷健全完善疫情報告和控制網絡，取得了防治SARS工作的重大勝利。

　　呼市連續四年被市委評為目標考核成績突出單位，并取得“全區防治非典肺炎工作先進基層黨組織”、“自治區抗擊非典先進集體”、“全國衛生監督先進集體”等榮譽稱號。